《扬州大学学报(高教研究版)》编辑部是在原江苏农学院、扬州师范学院、扬州工学院、江苏商业专科学校等高校学报编辑部的基础上，于1997年扬州大学合并办学5周年之际成立。1997年创刊《扬州大学学报(人文社会科学版)》（双月刊）、《扬州大学学报(高教研究版)》（季刊），2004年改为双月刊；1998年创刊《扬州大学学报(自然科学版)》（季刊）；1999年将《江苏农学院学报》更名为《江苏农业研究》；2002年将《江苏农业研究》更名为《扬州大学学报(农业与生命科学版)》（季刊）。

《扬州大学学报(高教研究版)》（双月刊）创刊于1997年，是综合性高等教育研究刊物，坚持理论联系实际研究和探索高等教育改革与发展的各类问题，既发表高等教育改革与发展的理论性研究论文，也刊登具有普遍指导意义的高校教育教学改革的实践经验，内容覆盖了高等教育的方方面面。本刊特别关注教育热点，反映前沿学术动态。《高校文科学术文摘》、中国人大复印资料中心、《教育文摘周报》、《新华文摘》等都不同程度地转载、摘引本刊所发论文。本刊为江苏省期刊方阵优秀期刊、第二届全国优秀社科学报。

《扬州大学学报（农业与生命科学版）》（季刊）(原《江苏农业研究》、《江苏农学院学报》，2002年更为现名)是扬州大学主办的综合性农业与生命科学学术期刊。本刊被列为国家科技部中国科技信息研究所《中国科技论文与引文数据库》、中国科学院文献情报中心《中国科学引文数据库》统计源期刊、中国科技核心期刊、北大图书馆“全国中文核心期刊”，被联合国粮农组织AGRIS、英国CABI、动物学记录（ZR）、美国DIALOG、化学文摘（CA）、波兰哥白尼索引（IC）、国内所有以“中国”名头出版的农业文摘类期刊和部分医学文摘期刊及《中国生物学文摘》、《中国学术期刊(光盘版)》等作为一次文献源期刊收录。

《扬州大学学报（农业与生命科学版）》主要刊登农业科学、动物科学、动物医学、生物技术、园艺、植物保护、食品科学、基础医学等学科的学术论文。主要栏目：农学、动物科学、动物医学、生物技术、园艺、植物保护、食品科学、基础医学等学科的学术论文。

《扬州大学学报（农业与生命科学版）》获全国中文核心期刊、第二届江苏省期刊方阵双十佳期刊、全国高校自然科学学报一等奖。

《扬州大学学报（人文社会科学版）》（双月刊）创刊于1997年，系综合性人文社会科学学术刊物。该刊注重选题，努力反映人文社会科学最新研究成果；关注现实，积极为地方经济建设服务；体现特色，弘扬历史文化名城优势。

《扬州大学学报（人文社会科学版）》该刊坚持学术性，强化理论性；坚持时代性，强化功能性；坚持现实性，强化特色性，致力实施精品战略。该刊大力发扬学校人文社会科学学科优势和扬州历史文化名城之地域特色，并精心打造“中国特色社会主义理论研究”、“苏中地区经济社会发展研究”和“扬州文化研究”等特色栏目。该刊为中国人文社会科学核心期刊、中国期刊方阵双效期刊、全国百强社科学报、中国人文社科学报核心期刊、全国中文核心期刊。