《石河子大学学报（自然科学版）》（双月刊）创刊于1983年，是石河子大学主办的综合性学术期刊。

《石河子大学学报（自然科学版）》本刊立足本校，面向全国，注重学术性，主要刊登生物科学、农业科学、医学、理工科、数学、物理、化学自然科学各学科基础研究和应用研究方面的学术论文。其办刊宗旨主要是：及时报道最新科技研究成果，为推动学术交流和实施科教兴国战略服务。读者对象是国内外科技工作者。获奖情况：2006、2008、2010、1012年荣获“首届中国高校特色科技期刊”奖；在新疆第三次优秀科技期刊评比中荣获新疆科技期刊综合效益奖；在第四、五、六、七次获综合效益奖及二等奖；2007年6月被中国科学信息研究所评定为“中国科技核心期刊”；并被收入中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）。

《石河子大学学报（哲学社会科学版）》（双月刊）创刊于1988年，是由石河子大学主办的学术理论性刊物。

《石河子大学学报（哲学社会科学版）》主要刊载马列主义、毛泽东思想、邓小平理论、哲学、宗教、社会科学总论、政治、法律、经济、文化、教育、体育、语言、文字、文学、艺术、历史等学科领域的新成果。栏目有西部研究、政治研究、哲学研究、经济研究、文学艺术研究、历史研究、法律研究等。读者为高校教师及从事社会科学研究的科研工作者。获奖情况：2005年获“第四届新疆优秀社科期刊奖”；2006年获“第三届全国优秀社科学报”；2007年获“全车民族地区优秀学报”；2011年获“全国高校社科优秀期刊”。