《海军医学杂志》是报道海军军事医学、基础医学、预防医学、临床医学研究成果和研究进展的医学类中文科技核心期刊和统计源期刊，2014年起增至84页，双月刊。栏目包括军事医学、基础医学、预防医学、医院管理、护理园地、调查研究、技术与方法、医学教育、综述与讲座等。其前身是《海军医学》和《海军军事医学》，两者都是内部刊物。

《海军医学》创刊于1983年，由海军后勤部卫生部主办。《海军军事医学》创刊于1980年，由海军医学研究所主办。这两份刊物作为海军医疗卫生系统的窗口，为推动海军医学科学技术的发展，促进军内外医学学术交流，提高海军医学研究和医学保障水平，增进海军指战员的健康，提高部队战斗力，发挥了重要作用。海军各级领导对海军这两份刊物非常关心和重视，1987年，在《海军医学》创刊5周年之际，原海军司令员肖劲光、刘华清，政委李耀文分别为杂志题词：“发展海军医学”，“普及医学知识，加强学术交流”、“为发展海军医学事业而努力”。《海军医学》和《海军军事医学》曾先后多次在全军医学期刊评比中获得“优秀期刊奖”、“优秀编辑奖”等荣誉。

1999年6月，经国家新闻出版总署批准，《海军医学》和《海军军事医学》合并为《海军医学杂志》，正式国内外公开发行，由海军医学研究所主办，海军后勤部卫生部主管。近几年，《海军医学杂志》坚持突出姓军为海的特色，同时通过组稿、选题策划和编委荐稿等形式吸纳地方医疗单位优秀稿源，在主办、主管单位的领导下，在广大编委单位的大力支持下，无论是论文学术水平、编辑出版质量，还是栏目设计、装帧、印刷、发行等方面，都取得了长足进步和突破性进展。2013-2014年连续被中国科技信息研究所评为中国科技核心期刊和中国科技论文统计源期刊。