《北京大学学报（自然科学版）》（双月刊）创建于1955年12月，是北京大学主办的自然科学（包括技术科学）综合类学术性刊物。获奖情况：1997年第二届全国优秀科技期刊评比一等奖；1999年教育部“优秀自然科学学报一等奖”；1999年获首届国家期刊奖；中国期刊方阵“双高”期刊。

《北京大学学报（自然科学版）》主要刊登北京大学教师、研究生及海内外校友在基础科学、技术科学和边缘科学等领域的研究成果及综述性文章。由北京大学18个理科院、系、所的30名教授组成学报编委会，负责确立学报的办刊宗旨及审定论文的学术质量。学报被国际权威检索文献数据库CA，SA，MR，GR以及EI等收录，是国内自然科学综合类学科的核心期刊，在国内的被引用率、影响因子等在综合类学术期刊中都名列前茅）。

《北京大学学报（哲学社会科学版）》（双月刊）创刊于1955年，是由北京大学主办的学术刊物。本刊以马列主义、毛泽东思想、邓小平理论和"三个代表"重要思想为指导，坚持人文社会科学的正确导向，贯彻双百方针，走理论联系实际、学术结合时代之路，追踪社会思潮、理论前沿和学术热点；依托北大丰厚的人文社会科学资源，把创世界一流大学的品牌意识和办刊的精品意识结合起来，把优良的学术传统和现代办刊理念结合起来，今天的北大学报既要发扬《北京大学月刊》、《国学季刊》探求学术的求实和严谨学风，又要发扬《新青年》感应时代风云的敏锐和创新精神，使之同北大历史上的学术名刊一脉相承。所以，把北大学报办成名刊，既是弘扬北大优良学术传统的需要，也是创建世界一流大学的历史逻辑之必然。

南京大学中文社会科学评价中心公布的中文社科学术期刊影响因子（CSSCI）统计，1998--2002年社科综合类学报平均影响因子排序，我校学报排第1名。清华大学中国学术期刊（光盘版）电子杂志社统计的综合性大学社科学报文献计量指标，2002年论文下载量排序，北大学报也是居第1名。荣获第三届中国出版政府奖提名奖。

《北京大学学报（医学版）》是由教育部主管、北京大学主办、国内外公开发行的综合性医学学术性期刊（双月刊）。主要报道医学科学领域的最新研究成果，刊登具有国内外先进水平的基础医学、临床医学、预防医学、生物医学、药学及与医学有关的边缘学科的高水平、高质量的研究论文。《学报》根据医学领域研究的前沿或热点课题及当前的重大疾病，每年组织2到4期重点专题。重点专题来稿均为国内各相关领域具有较大学术影响力的学科带头人的研究成果，基本反映了国内这些领域的研究水平。

被各检索系统收录情况：国内外：美国医学文献分析和联机检索系统（MEDLINE/PubMed）、美国EBSCO、美国化学文摘数据库及其《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（PЖ）和世界卫生组织《医学增补文摘》（ExtraMED）收录、世界卫生组织西太平洋地区医学索引（WesternPacificRegionIndexMedicus）、日本科学技术振兴机构文献数据库（JST）。中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）、中国科学引文数据库（CSCD）、中国生物医学文献数据库（CBMdisc）、中文生物医学期刊文献数据库（CMCC）和中文核心期刊要目总览（第5版）核心期刊。也是《中国医学文摘》、《中国生物学文摘》和《中国药学文摘》收录期刊。本刊全文入编万方数字化期刊全文数据库、中国期刊网和中国学术期刊（光盘版）全文数据库。

《北京大学学报（医学版）》获奖情况：1992年全国优秀科技期刊评比三等奖，1997年第二届全国优秀科技期刊评比二等奖，2004年全国高校优秀科技期刊评比一等奖，首届中国高校精品科技期刊奖，第二届中国高校精品科技期刊奖，第三届中国高校精品科技期刊奖，2003年百种中国杰出学术期刊，2004年百种中国杰出学术期刊，2005年百种中国杰出学术期刊，2006年百种中国杰出学术期刊。